Problemas con Disco duro...

Tiene falla de que se calientan mucho, pero hasta un intel si se recaliente mucho, inicia a falla el sistema operativo, aquí primero mira como esta la temperatura de tu micro, o si el abanico esta trabajando al 100%
Lo de los disco en FAT32 es ciertos tiene un limite de particiones pero igual lo puedes trabajar, pero eso no te causa ese problema que tienes, si lo pasas a NTFS solo se podrá ver entre otros equipos con NTFS nada más. Pero NTFS si ve a cualquier otro tipo de partición.
Suerte

¿Y qué hago para mirar la temperatura? ¿Cómo se que es alta? ¿Y cómo la rebajo?

Es una utilidad que traen las tarjetas madres para ver ese dato. Fíjate si lo tienes instalo, si no entrando en el BIOS habrá una opción que te de esa información.
Suerte

Y como se que es alta, ¿y cómo la rebajo? Ya tengo dos ventiladores apart y no tengo más sitios donde conectarlos...

Asegurate de que el microprocesador tiene silicona termoconductora, asegurate también de que la fuente de tensión no tiene suciedad que dificuelte evacuar el calor.
FAT32 soporta tamaños de discos lógicos de 0 a 128 TB (2^32 sectores de 32 KB cada uno).
Si el SO no puede montar volúmenes en NTFS es imposible que el arranque del SO o sus archivos estén en una partición tal.

Que es eso de 128 también, significa terabytes. ¿Si es eso no creo porque en la página de mocosoft sice que solo admite hasta 32 gb. Y no te entiendo el ultimo párrafo me lo aclaras?

Perdona pero me he hecho un pequeño lio, FAT32 no soporta tamaño de unidad de asignación de 32 KB, el máximo son 2 KB, quedando el máximo teórico en 8TB (TeraBytes). Lo que dice Microsoft es que WinXP no es capaz de formatear más de 32GB, aunque si se formatea una partición FAT32 con otro formateador distinto del propio de WinXP, este no tienen problemas en montar (aceptar y leer el sistema de archivos) de más de 32 GB; la limitación es pues de creación, no de reconocimiento, que llega a 8TB (no 128TB como creía porque no soporta cluster de 32KB). Lo curioso es que el formateador de Win98 si puede formatear particiones FAT32 de mas de 32GB, tal y como se indica en http://www.microsoft.com/windows2000/techinfo/reskit/en-us/default.asp?url=/windows2000/techinfo/reskit/en-us/core/fncc_fil_tvjq.asp
Tambien hay info sobre sistemas de archivos y WinXP en http://www.microsoft.com/technet/treeview/default.asp?url=/technet/prodtechnol/winxppro/reskit/prkc_fil_tdrn.asp
En cuanto a la ultima parte, lo que quiere decir es que si un sistema operativo no soporta NTFS (como es el caso de Win98) ni los archivos de arranque del SO ni el contenido del mismo pueden estar en volúmenes NTFS, porque entonces no se podría acceder a ellos y resultaría imposible el funcionamiento.
Si no queda claro, dime que parte e intentare explicarlo mejor, siento haberte liado un poco con la anterior respuesta.

Parece que FAT32 si soporta clusteres de 32 e incluso 64 KB, pero al parecer eso no redunda en un máximo de 256TB, no se si me fallan los cálculos o que pasa, pero los he vuelto a hacer y me da lo mismo: 2^32 clusteres de 64 KB son 256 TB, en cambio se especifica un máximo de 8 TB con cluster de 32 KB, lo cual me hace pensar que hay algo que se me esta escapando, pero como yo soy de hard, tampoco es de extrañar. Si te interesa saber exactamente el porque de esta limitación en concreto lo puedo buscar, porque con FAT16 los cálculos si salen; probablemente sea que en FAT32 y NTFS la estructura es más compleja que en FAT16. Si quieres un buen formateador para WinXP te recomiendo Partition Magic, hay que tener en cuenta que la limitación de 32GB en el format de WinXP se debe a que MS quiere que nos pasemos a NTFS porque es más seguro para usuarios de red, y esa es una forma de presionar, no es porque FAT32 no soporte mucho mayor volumen.

¿Entonces puedo convertir mi disco de 80 con dos particiones en fat 32 con el partition magic 7 (me imagino que desde msdos) y Windows xp me lo reconocerá sin problemas?

Por lo que me dices, una de las causas de lo que ocurre puede ser el recalentamiento del procesador, pero si el ventilador del mismo funciona y no está desprendido, me resisto a creer que sea éste el motivo.
Otra causa de este reinicio puede ser la memoria RAM. Si tienes más de un módulo, puedes probar de retirar uno y ver si el problema se repite. Si se produce, alterna el módulo para ver si el que está dañado es el que quedó puesto en primer lugar.
Sin embargo, me inclino a pensar en que puede tratarse de un problema de la fuente. Veo que hay varios dispositivos conectados a ella. Si no resuelves el problema con la RAM, puedes probar desconectando la grabadora y el DVD (quizás un disco también) e ir sumándolos de a uno.
Si todo falla, vuelve a escribir y te diré cómo verificar si se trata de un conflicto de hardware o software (mientras tanto piensa si no empezaron los problemas al instalar un dispositivo o un programa).
Respecto de las particiones no entiendo tu problema. ¿Tienes el disco particionado con fat32 y funciona o no?

No el particionado es el de 80 gb y esta en ntfs porque no me deja tenerlo en fat32. Yo quería saber como formataera la primera partición para instalar el sistema operativo de nuevo ya que la orden format c: no me funciona con particiones ntfs...