¿Defragmentación...?

Hola.Mi problema es el siguiente.En mi equipo tengo instalados los sistemas operativos W-98 SE Y WINDOWS XP.El disco duro lo tengo con varias particiones que hice con PARTITION MAGIC7.0 E INSTALANDO EL BOOT MAGIC accedo al sistema que quiero arrancar.Hay particiones comunes para los dos sistemas.En dos ocasiones cuando he hecho una defragmentación en la UNIDAD C, donde esta el sistema, no me ha reconocido la unidad no pudiendo acceder a nada.he usado los disquets de arranque del BOOT MAGIC pero no he conseguido nada un conocido me aconsejo que para hacer la defragmentación desactive el BOOT MAGIC pero nolo tengo claro.En ambas ocasiones tuve que formatear e instalar todo y bueno como acabo de empezar en este mundo de la informática me cuesta bastante. Ahora lo que hago es hacer defragmentación de todas las unidades menos las que tienen los Sistemas Operativos. Esperando tu respuesta te doy las gracias de antemano.Un saludo. Gracias