Server de aplicaciones

Primero antes que nada debes de realizar el plan de políticas de seguridad de los usuarios. Segundo si estas trabajando con windows 2000 debes diseñar tu árbol de ACTIVE DIRECTORY.. tercero, el software que intentes instalar en la red, traen la forma de hacer instalaciones "silenciosas" y por ultimo.. debes de tener en cuenta que tipos de estaciones de trabajos (Clientes del servidor) vas manejar ya que de ahí depende la forma en que vas a reestringir al os usuarios de no instalar software adicional en su PC.
Para poder ayudarte más a fondo, necesito saber cual es el S.O. de tus PC, que software específicamente quieres instalar...

Si lo que quieres es que los usuarios no vean lo que tienes compartido en el servidor, cuando compartas un folder al final ponle el símbolo $ (Por ej. test$), así los usuarios no sabrán que existe una carpeta compartida de esa manera (a menos que alguien les diga), otra manera es que cuando compartes un folder, abajo donde pones el nombre del folder compartido hay una opción de permisos, aquí deben estar unicamente los usuarios que accesarán a esta carpeta, los que no estén en esta lista, si quieren accesar a ese recurso, les dirá que no existe, debido a que no están en esa lista, OJO: Esta lista es únicmente para los que estará compartido el folder, debes agregarle también que tipo de acceso que tendrán sobre ese folder, esto lo haces en la pestaña de security, arriba va la lista de usuarios y abajo selecciones el tipo de acceso que tendrán (ej. Que solo lean, que solo ejecuten, que escriban, etc.).
Tu win2k server tiene el Active Directory (Directorio Activo), ¿de qué manera manejas tus usuarios?

Disculpa la demora en contestarte es que estuve mucho tiempo ausente sin internet. Espero que hayas podido solucionar tu problema de lo contrario te comento que todo lo puedes manejar mediante los privilegios que asignes a cada usuario o grupo que tengas definido, en las carpetas que compartes puedes indicar que o quienes pueden tener derecho a ciertas carpetas, por defecto el Administrador puede acceder a todo.
Éxitos!
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Debes aprender lo que son los grupos, y a crear grupos
A cada grupo le asignas privilegios y derechos y luego al dar de alta usuarios nuevos, le dices que usuario pertenece a que grupo.
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