¿Transferencia de Archivos vía FTP?

Lo que tienes que hacer es montar un servidor ftp en tu trabajo con claves de usuario para que nadie pueda acceder a el desde inet excepto tu. Como es mu largo de explicar y yo no suelo hacerme entender bien te mando una página en la que te lo explica todo paso a paso, y te da el link de descarga del programa que necesitas. El link es:
http://www.principiantes.info/servidores/servidor_ftp.php
Espero que te sirva y para cualquier duda ya sabes donde encontrarme.

Necesito actualizar sistemas que se desarrollan aquí mismo, los más pesados andan entre 1200 kb
¿Y quisiera poder enviar el puro ejecutable al lugar que le correscponde vía modem
se puede?

Evidentemente de antemano necesitas una conexión a internet en cada sucursal así como en la central.
Como tu sabes, el FTP solamente te da espacio de almacenamiento, como un disco duro virtual.
Tienes 2 opciones:
1.- Contratar espacio en un servidor dedicado digamos www.tuempresa.com como si fueses a hospedar una página web y usar ese espacio como tu disco duro virtual.
2.- Instalar un FTP server en la central donde trabajas y accesar a el desde las sucursales.
Te recomiendo la primera opción, y todo lo que necesitarías seria un cliente FTP como el CuteFTP en la central para subir los archivos y un cliente en cada una de las sucursales para descargarlos.