Certificado ssl java tomcat

Estoy montando un certificado SSL en mi máquina virtual java para que lo utilice Apache Tomcat 6.
Tengo la llave privada por una parte, el certificado SSL y un certificado intermedio CA y necesito montar un fichero .jks (almacén de claves) con estos tres ficheros.
Con la herramienta Keytool de java no puedo importar la llave privada (la herramienta keytool sólo vale para generar, pero no para importar), por lo que estoy utilizando una aplicación realizada en Java (importkey) que sirve para montar la llave privada y el certificado SSL. 
El problema es que esta aplicación de java (importkey) solo recoge estos dos ficheros (llave privada y certificado ssl),pero no me genera el almacén de claves con este tercer fichero (certificado intermedio CA) y tampoco me funciona importando con la herramienta keytool el certificado intermedio CA una vez generado el almacén de claves (.jks) con la aplicación java (importkey).
El servidor apache tomcat me funciona con https, pero no está funcionando el certificado intemedio CA (al realizar el test desde la página web del certificado ssl) me da un error indicándome que no tiene montado el certificado intermedio CA.
Si alguien ha montado un almacén de claves para Java con una llave privada ya existente y puede ayudarme se lo agradecería.

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