Interesante pregunta, muy interesante. En primer lugar, decirte que DOS y UNIX son TOTALMENTE distintos. Personalmente no he trabajado con unix, pero si utilizo linux, que es digamos una variante de unix. Hay una diferencia clara con unix respecto a dos, la seguridad. Con DOS cualquier persona puede acceder y ejecutar cualquier archivo que se encuentre en la maquina, pero con UNIX es necesario tener una cuenta con nombre de usuario y password para poder usar la maquina, y permisos para ejecutar el archivo en cuestión. El tema de permisos es algo más complicado. Cada archivo tiene permisos en unix, y estos especifican quienes podrán ejecutarlos. En DOS, solo se podía llamar a un archivo utilizando como máximo 8 caracteres para el nombre y 3 para la extensión. En unix se pueden utilizar hasta 256 caracteres. Pero quizás el cambio más importante es que unix es un sistema operativo multitarea. Esto significa que, a diferencia de DOS, unix puede ejecutar un proceso sin haber terminado el anterior, y de esa forma ejecutar varios programas al mismo tiempo, cosa de con DOS es imposible. A todo esto, añadir que UNIX es un sistema operativo orientado a redes. Espero haberte aclarado las diferecnais. Hay muchas más, pero estas son las más importantes a mi modo de ver.