Windows 98 se apaga mal

Existe un parche para corregir el apagado de windows
Bajalo de la página de microsoft o desactiva el inicio de scandisk
en apagado incorrecto
teclea ejecutar
msconfig
dale en avanzadas y ahí viene para que lo desactives

Puedes probar con lo siguiente:
Primero prueba a conéctate a windowsupdate y bajate el parche que se llama "Actualización de contraseñas del nivel de recursos compartidos de Windows". Parece que no tiene sentido pero a mi me funcionó.
También te lo puedes bajar desde aquí:
-> http://www.ua.es/es/servicios/si/documentacion/faqs/apagado.exe
Si esto no te funcionó haces clic con el botón Inicio y a continuación en Panel de Control.
Una vez en el Panel de Control, haz doble clic sobre el icono de Opciones de energía.
Pincha en la pestaña APM y marca la casilla Habilitar la compatibilidad con la administración avanzada de energía luego pulsa el botón Aceptar
Prueba estas 2 cosas y si no te funciona te indico alguna cosilla más.