Error E/S disco de sistema. Inserte un nuevo disco

El problema que me describes es bastante típico en un disco que tiene o tuvo virus. Lo que te esta pasando es que el sector de booteo de tu disco duro esta corrupto y por eso no puede iniciar windows 98. Más allá de que tu sistema sea windows 98 o windows 98 SE la solución a tu problema es conseguir un disco de inicio de windows 98, iniciar la pc con el y una vez que inicio escribir:
sys c: [enter]
Y se reescribirá el sector de booteo con la información correcta para que tu disco inicie correctamente. Ten en cuenta que en muchas versiones de windows cuando inicias con un diskette te genera una unidad extra( como puede ser d:) con un disco virtual o RAM drive. En ese caso si ejecutas el comando sys desde a: puede darte error de comando o nombre de archivo incorrecto. SI es así debes posicionarte en esa unidad nueva que te apareció ( "poner D: [enter]" por ejemplo) y ejecutarlo desde allí.

Por lo que dices posiblemente tengas un virus en tu disco inicial. Lo primero que deberías hacer es salvar toda la información importante de ese disco, en uno o en varios cd´s, si como dices no te cabe todo en uno. Si tienes la posibilidad de pinchar ese disco como dices que has hecho en otro ordenador, hazlo pero sería recomendable que le pasaras un buen antivirus actualizado, ya que puedes tener infectada parte de la información que deseas salvar, con lo que te estarías llevando el virus nuevamente a la instalación que realices.
Una vez salvados los datos y asegurados de que estos no tienen virus, lo suyo es formatear ese disco ifectado y volver a instalar desde 0 el windows que prefieras. Eso sí también debes instalarte un antivirus ya que como ves pueden ser bastante molestos y estropear mucha información útil.

Primero sobre lo de guardar la información en un Cd recuerda que el tamaño de los cd´s es de 600 o 750mb, por lo que si quieres guardar todo la información del disco duro es poco probable que te la guarda en un solo cd. Lo que puedes hacer es guardar la carpeta Mis Documentos que es la más importante y ademas otras carpetas donde tengas información importante, utiliza varios cd´s. Sobre lo del disco duro puede haber varias razones, sin embargo recuerda si no se te ha caído o el disco duro ha recibido un golpe, porque si es así esa puede ser la causa, la otra es que probablemente el virus haya hecho de las suyas y terminó por dañartelo, y la tercera es probable que se haya llamado algo que llamamas MBR(Master Boot Record) que es la partición de arranque, ¿ahora qué puedes hacer?. Hay dos soluciones: La primera ve a donde grabaste tú información en cd, y crea en ese equipo (o cualquiera que tenga win98), un disco de inicio. Eso lo puedes hacer yendo a panel de control -> agregar o quitar programas -> seleccionas la pestaña de "Disco de Inicio". Con ese diskette arrancas tú computadora, claro verifica antes en el setup o bios para que arranques por el diskette(si no sabes como hacerlo al prender la computadora presiona la tecla "Delete" o "Supr" y vas a "Advanced Settings" y en 1stboot seleccionas floppy). Bueno luego que arranques tu equipo seleccionas compatibilidad con CD-Rom y reinstalas el win98. Antes de reinstalar el win98 verifica si puedes acceder a tus archivos. Como vas a estar en símbolo de sistemas o MS-DOS vas a la unidad C con el comando "C:" y luego tecleas "dir" y si ves que te aparece información quiere decir obviamente que esta. Bueno si reinstala el win98 y cuando reinicies el equipo no funciona, entonces tendrás que formatear el disco duro e instalar el win98 desde cero, ya que el problema seria a nivel de MBR y esto se acomoda formateando, de hecho a lo mejor tengas que particionarlo de nuevo. Mira cualquier duda o pregunta escribe de nuevo por todoexpertos.com. Suerte

Lo que tendrías que hacer es inciar con un disco de booteo de win98 y instalar el windows nuevamente arriba del otro, debes copiar todo en la carpeta windows y no en la que te dice windows. 000 por que sino te hace otra copia de win98, si no otra forma es bootear desde el diskette, una vez finalizado todo el proceso te va a aparecer "a:\" tienes que colocar "deltree windows" entonces lo que borra es la carpeta y sus subcarpetas lo que tienes en mis documentosa queda como esta, y luego reiniciar, bootear e instalar win98.
Espero que te ayude no dudes en comunicarme cualquier duda.

Deberías respaldar tu información, formatear el disco y reinstalar el windows, bien se sabe que este no es perfecto y no dura para siempre. Recomiendo reinstalarlo unas 3 veces al año. Yo generalmente lo instalo unas 15 veces al año y a lo mejor más.
Si puedes me dices como te fue.
Chaop HT.

Posiblemente, al cambiar la configuración de maestro a esclavo para salvar los datos en el otro ordenador no hayas restituido el/los puentes de configuración de maestro/esclavo. Si tienes en tu ordenador una unidad de CD o cualquier otro dispositivo conectado en el mismo cable IDE del disco duro, estará configurado como esclavo, por lo que 2 esclavos juntos no pueden funcionar bien.
Creo que de los posibles fallos sea este el que más números tenga. Otro tema puede ser que hayas cambiado algo en el BIOS y no se reconozcan bien los parámetros de tu disco.
Verifica que esté bien configurado el disco como MASTER (incluso podría fuincionar como CABLE SELECT, dependiendo de tu máquina).
Suerte!