Problema inaudito en el arranque en Windows7

Muy buenas.

Como dice el título tengo un problema bastante raro al que no he podido dar una solución decente (y he conseguido esquivar con una ñapa muy cutre) en el arranque de mi PC. A continuación describo el problema y las medidas adoptadas:

A consecuencia de varios apagados a capón debidos a un mal funcionamiento de la fuente de alimentación (que cada vez que iniciaba cualquier aplicación 3D se quedaba sin fuelle) se ha corrompido el arranque de múltiples S.O. Que tenía en la máquina.

- Intenté solucionarlo con los parámetros de bootrec (fixmbr, fixboot y rebuildbcd) sin resultado.

- Le pasé el CHKDSK con los parámetros /F y /R por si existiesen errores en el disco (no encontró nada)

- Me aseguré, por si acaso, que la partición estuviese marcada como activa (y lo estaba)

- A las malas, por si funcionase, instalé una nueva copia de Windows7 en otra partición para ver si esto sobre escribía el sistema de arranque. La instalación es correcta y, como explicaré más adelante, aparece en el arranque.

- Por supuesto intenté reparar el problema con un disco de Windows7 y su "Reparar Equipo", pero después de un buen rato me dice que no se puede reparar el error.

- También, sin saber si valía para algo, restauré el sistema a un punto anterior al fallo.

Los errores que se han ido sucediendo han sido desde el "disco de arranque incorrecto. Inserte bla, bla, bla" hasta el falta BOOTMGR pasando por "Ha ocurrido un error cuando se intentaba leer los datos de configuración de arranque - 0xc000000f"

La solución chapucera, y lo que me tiene intrigadísimo, es que si dejo un CD booteable (un Hirens o similar) y no toco nada, inicia a los 30 segundos desde el disco duro y sale el menú de los S.O. Instalados como si nada ocurriera. Y después puedo utilizar el PC normalmente.

Esto me da que pensar que es posible reparar el arranque (y evitar el paso del CD "mágico), aunque ya no me quedan conocimientos para hacerlo.

¿Alguna idea que no haya probado?

Muchas gracias.