Configuración de Win 98

Lo que puedes hacer es iniciar en modo msdos, y luego en la linea de comandos escribir scanreg, le das enter y te va a hacer un chequeo del registro, al terminar te va poner la opción de mostrar los respaldos, elige restaurar un respaldo de una fecha anterior al programa que instalaste.
Antes, si no lo has hecho, te aconsejaría que entraras a modo prueba de fallos y desinstalaras el software que te dio problemas.

Cuando inicia windows 98 se crean unos archivos de respaldo llamados .cab que se encuentran en el directorio C:\WINDOWS\SYSBCKUP, estos archivos se podrían descomprimir y copiar directamente al directorio C:\windows, pero no sería el modo correcto, lo mejor es reiniciar en modo ms-dos desde el menu Inicio/Apagar/Reiniciar en Modo MS-DOS
Cuando salga el indicador de MS-DOS, que tendrá un aspecto más o menos así: C:\WINDOWS
Escribe SCANREG /RESTORE y selecciona de las fechas que te propone uno o dos días antes de que suceda el percance... lo importante es que lo hagas pronto o se perderán varios días ya que el sistema solo almacena unos cuantos días en sus respaldos...

El 98 no la trae, pero si el Millennium y el XP. Sin embargo hay programas que te permiten hacer esto y los puedes encontrar en sus webs. Yo buecaría en SYMANTEC y otras marcas por el estilo.