Como instalar juntos XP y 98se

Si es que el 2do disco (el D) es un disco aparte (y no una partición de un mismo disco) lo que se puede hacer es en el BIOS de la PC (cuando arranca la PC bien al principio usualmente se accede con la tecla DEL o SUPR (depende teclado)) y luego cambiar el orden de booteo que arranque desde el D e instalarlo allí
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Siempre se aconseja utilizar como orden de instalación primero el más antiguo, es decir, meter primero W98SE y luego XP. XP conservara el sistema operativo anterior y lo agregara a su gestor de arranque.
Del modo que tu pretendes es mucho más engorroso, si es que pudieras llegar a llevarlo a cabo.
Si tienes dos discos duros es más fácil: desconecta el de XP, instala 98 normalmente, y luego utiliza GAG, un gestor de arranque desde disquete que te ira muy bien.
http://raster.cibermillennium.com/gag.htm
Aun así, insisto: te aconsejo que reparticiones, instales W98SE, y luego XP. Te ahorraras muchos problemas.

Si es posible tener los dos sitemas operativos juntos, el problema es que primero montaste XP y el truco es hacerlo al contrario, primero instlas win98 o Me y luego si el XP. Si tratas de instalar Win98 sobre el XP, borrarías el MBR (Master Boot Record) del disco duro, éste se encarga de informar al equipo desde donde va a arrancar el sistema operativo; el instalador de windows cambia esta información y XP no podría arrancar más. Si deseas instalar los dos sistemas, lo recomendable es que salves la información existente en tu pc, instales Win98 en la partición c: y luego instales Xp en la partición d: ; el instalador de XP crea un inicio dual al igual que Win2000 (cuando encuentra otro sistema operativo ya instalado). Espero haber sido claro con la respuesta, si no te queda claro, no dudes en preguntar de nuevo.

Para ser preciosa pues si es una pregunta típica pero la verdad nunca he intentado instalar windows 98 luego de tener instalado ya windows XP pero si tengo en Windows2000Professional y Server y como Windows XP es lo más parecido a Windows2000 quizás resulte ser igual. Lo que debes hacer en primer lugar es tener el CD de Windows XP y el de Windows 98 inicia tu pc con el disquete de Windows 98 introduce el CD-ROM de Windows 98 y corre la instalación toda hasta el final pero no te asustes lo más probable es que cuando reinicies tu PC solo puedas iniciar con Windows 98 y no puedas arrancar el XP pero ahora le toca el turno al CD del Windows xp inserta los disquetes de instalación de Windows xp y corre la instalación del Windows xp hasta que te salga la primera pantalla de instalación y escoge la opción reparar una instalación de Windows xp y escoge todas las opciones mínimas y reinicia el ordenador cuando inicie te mostrara un menú donde escoger con cual sistema operativo deseas iniciar si con Windows XP o con Windows 98 ..
Y listo el trabajo de los 2 sistemas operativos esta listo!
Suerte...