Problema con el registro de windows

Bueno mi pregunta y problema es:
Al iniciar windows (ME o 98) aparece una ventana donde me dice que el registro de windows tiene problemas y debe reiniciarse para corregirlo; pero al reiniciarlo resulta que toda mi configuración (sonido, video, office, modem...) ha desaparecido y tengo que volverla a configurar con todos mis drivers y lo demás.
Acabo de cambiar la board (msi k7t)y el procesador (amd athon xp 1.7g), tengo disco duro de 40g particionado en 4 partes iguales, para instalar windows formatee solo una partición (debido a que tenía información importante en las otras) y luego de iniciar por primera vez e instalar todos los respectivos drivers apareció el problema.
Pensé que volviendo a particionar el disco duro y formatiando cada partición solucionaría el problema. Pero no la cosa sigue igual.
Opté por no reiniciar el equipo al encontrarme con esta ventana de advertencia de windows y la dejo a un lado, pero tengo problemas con los programas. ¿Qué debo hacer?.
Windows propone ejecutar scanreg /fix pero es igual que reiniciar el equipo.
Por favor necesito que alguien me diga que debo hacer para solucionar este problema. Gracias