Desfragmentador de disco y scandisk

En primer lugar, lo de quitar o no la desactivación de discos es indiferente, ya que los discos, lógicamente, no se desactivan si están trabajando. Creo que lo que te haba sucedido es que tenías algún error en tu disco duro antes de ejecutar el desfragmentador, y eso es mortal de necesidad. Es altamente recomendable (yo diría que obligatorio) hacer un Scandisk a los discos que vayas a desfragmentar antes de hacerlo ya que, en caso de haber algún error, éste se propaga hasta límites insospechados. Lo más lógico es que tuvieras algún bucle (uno o varios) en la FAT, y el scandisk se haya vuelto loco intentando organizar el/los archivos afectados.
¿Soluciones? En principio, la más fácil es formatear y reinstalar. Pero si quieres intentar recuperar algo de lo que hubiera en el disco duro, puedes probar con PHOENIX (http://www.stellarinfo.com/phoenix.htm). Existen otros programas que realizan la misma función; si quieres, ya seguiré buscando alguno más.

Gracias por tu respuesta, me has aclarado muchas dudas.
Solo te pido si fuera posible que me dijeses así por encima como se usa el PHOENIX y también me gustaría que me aclarases si es malo dejar el disco duro sin formatear, vamos con los errores que tiene.
Espero que me puedas ayudar un poquito más. Gracias.

Phoenix es fácil de usar. Instálalo en un disco duro DIFERENTE del disco que quieres intentar recuperar. Ejecútalo. Selecciona la unidad, y ya no tienes más que esperar y responder preguntas. Es prácticamente automático.
REspercto a formatear el disco, yo diría que es altamente recomendable. Tras recuperar la información que puedas, cópiala en otro lado y formatea. Así te aseguras de que tienes los datos seguros (ya los tienes en otro lado) y de que el disco duro en cuestión ya no contiene ningún error, al regenerar totalmente la FAT y los directorios. Además, haz un scandisk /surface para verificar que el problema no haya sido físico (lo cual sería ciertamente una putada). En el caso de que el problema haya sido físico, todavía puedes intentar salvar parte del disco. ¿Cómo? Con FDISK, pero no el de Windows, sino el de Linux (por ejemplo) Si sabes exactamente cuales son los sectores del disco que están irremediablemente dañados, puedes definir particiones evitando estos sectores. Igual no te resultan de un tamaño "agradable", pero algo es algo.
Bueno, ya me contarás.