Instalar W98 2E en una partición.

Tu problema es que el orden que debes seguir para lograr esto, es instalar primero el W98, y después el 2000, no hay forma de haer que esto funcione a menos que metas un programa como el Partition Magic, para cambiar tus particiones y deje como inicial la que no tienen nada, aunque es arriesgado, ya que siempre tendrás que hacer este cambio cada que quieras alternar entre particiones.
Suerte.

Entra en boot disk.com o boot disk.org y bájate el disco de inicio de windows 98. Cuando te diga donde quieres instalarlo, selecciona la partición que quieres y ya está.

Lo tienes difícil, cuando quieres tener sistemas operativos duales en una misma máquina siempre tienes que instalar el primero el más antiguo y así sucesivamente, de lo contrario no te dejará instalar porque se piensa que intentas actualizar el sistema operativo con una versión anterior. Lo podrías conseguir haciéndolo desde MS-DOS pero no te lo recomiendo ya que posiblemente pierdas el Windows 2000 y el sector de arranque. Lo ideal sería que guardaras los datos que tengas ahora y empieces a instalar estos dos sistemas pero siendo el primero el de mayor antigüedad, en este caso Windows 98.