Problemas con windows 2000 server

Ok, el inicio a veces se ve lento debido a una mala configuración del DNS por lo que ue demora en abrir y deberás verificar esto, que el servidor apunte a el DNS correcto, toma en cuenta que una vez firmado el SQL debe ir arrancando en sus diferentes servicios, al apagar, seria más rapido si detienes la base de datos primero, con esto los servicios se detendrían más rápidamente.
Ademas, si defragmentas el disco duro es mejor