Instalación de net framework en win server 2008

Tengo un server con windows server 2008 x64 y estoy instalando commerce server 2009. Hacer el upgrade de 2007 a 2009 requiere que tenga instalado el .net framework 3.5 con service pack 1. Lo he descargado de internet y lo instale(solo muestra como se desempaqueta pero no hay ningún otro paso). En C:/windows/Microsoft.NET salen las carpetas de framework 64 y dentro las versiones hasta la 3.5.
Use el programa "whoooot" y me dice que tengo instalada la versión 3.5 con sp1. Pero el setup de commerce server 2009 me vuelve a decir que no lo tengo... ¿existe algún paso de registro o algo así? Gracias!