Dichosos reinicios de Windows 2000 Profesional

Me llamo Francisco, y estoy en Valladolid. Tengo un problema con Windows 2000, que espero que con tu currículo sabrás resolverme. Disco duro de 40GB. Tengo cuatro particiones C, DE, E y F. Tengo en C instalado Windows 98 SE, y en DE el Windows 2000 Profesional. No tengo incompatibilidades con Windows 2000, ni de Hardware ni de Software.
Con más frecuencia de la que buenamente me gustaría soportar, Windows 2000 se reinicia sin venir a cuento. Ya sé que por defecto está activada la opción de reinicio automático. Yo la he dejado como está.
También tengo el programa Partition Magic, que como sabrás funciona bien sobre Windows, bien sobre MS-DOS. Funcionandolo con MS-DOS, hice un reconocimiento de la unidad DE y no detecto errores, pero sí me dio un aviso de "cluster perdido" o algo así.
¿Le ocurre a más gente lo que con Windows 2000 el ordenador se reinicie tantas veces? Yo calculo que dos tercios de los intentos. Y da lo mismo que ya se haya acabado de cargar el sistema operativo. Incluso llevo varios minutos manejando alguna aplicación, y zas...
¿Cómo se puede solucionar?
Ya he instalado Service Pack 1 y Service Pack 2.
He observado que al instalarlos parece que todo se pone en orden y se arregla. Pero pasados unos minutos nada más, con el uso, vuelven los problemas.