Problemas con FTP

Como bien dices en tu pregunta, seguramente sea un problemas de permisos.
Es difícil explicarte cómo configurar tu servidor FTP sin saber que programa utilizas, pero el funcionamiento de estos programas suele ser similar.
La configuración puede enfocarse desde dos puntos:
1.- Puedes dar permisos a los usuarios para acceder a determinadas carpetas.
2.- O puedes dar permisos sobres las carpetas para que sean determinados usuarios los que accedan a ellas con los permisos que indiques.
Según sea el enfoque de tu programa servidor, deberás seleccionar o bien un usuario y decirle que carpetas puede visitar, o bien una carpeta e indicar que usuarios tienen acceso a ella.
Intenta hacerlos de las dos maneras:
Selecciona un usuario y comprueba si el programa te permite acceder a algún tipo de menú dónde indicar los permisos sobre las carpetas.
Si esto no funciona, prueba a seleccionar una carpeta y ver si el programa te da acceso a algún menú dónde indicar los usuarios que pueden acceder a ellas y con qué permisos.
Estos permisos suelen ser heredados de Unix, es decir, permisos de lectura (lo ven pero no lo midifican), escritura (lo ven y pueden escribir/modificar el contenido) o de ejecución (lo ven y pueden ejecutar, pero sin modificar). También es posible que tenga acceso total (la suma de todos los permisos anteriores).
De todas formas, si me dices que servidor FTP tienes instalado, podría probarlo personalmente y ayudarte con más precisión.
No dudes en volverme a preguntar.