Problema con un servicio vía VPN WServer2008FoundationR2

Hola a todos, tengo el siguiente problema, espero ser claro y conciso: Tengo una VPN montada entre dos oficinas a nivel hardware (con dos cortafuegos). Hasta hace poco estaban trabajando con un servidor con W2000Server instalado en una de las oficinas. En el servidor tenían instalado un programa de contabilidad (AxialSoft) y todos los equipos funcioanban sin problemas, tanto los equipos que están en la misma red que el servidor, como los equipos que acceden a través de la VPN. El problema es que ahora con el servidor nuevo, hp proliant ml110 g6 los equipos que están en local funcionan, pero los que acceden a través de la VPN NO. El programa da un error, y los programadores me han dicho que es cosa del servidor...que puede ser por permisos o por tema de la red...Dicho ésto me puse a comprobarlo todo:

- En el servidor viejo no hay configurado nada de enrutamiento o acceso remoto ya que la vpn es transparente, se han revisado los firewall y lo único que hacen es enrrutar una red con otra, permiten todo...Sólo dispone de una tarjeta de red con una configuración normal.

- Se accede sin ningún problema tanto al servidor viejo como al nuevo, recursos de red, carpetas compartidas, escritorio remoto...¡de hecho la misma aplicación en el servidor viejo funciona!

- He probado a crear reglas especificas para ese servicio, de entrada salida...con sus usuarios y permisos correctos...pero el programa sigue reportando el mismo error. Incluso con el cortafuegos completamente desactivado.

- La lan donde está el servidor es del tipo: 192.1.3.* y la otra oficina : 192.0.3.*

- He estado mirando el tema de las conexiones entrantes, pero se supone que con todo el cortafuegos abierto no hay conexiones entrantes que configurar...Lo que más me descuadra es que el viejo sigue funcionando y no tiene nada configurado.

Mi pregunta es: ¿Puede que se necesite configurar algo en W2008server para permitir la ejecución de éste servicio que en W2000server no hiciese falta? ¿O puede que el programa esté un poco "verde" y no sepa hacer la llamada al servidor?

Espero no haberme enrollado mucho, cualquier opinión será bien recibida...Un saludo y gracias de antemano!