Domino Doc

En primer lugar Domino.Doc no almacena datos, sino documentos... vamos, cualquier tipo de archivo con cualquier extensión. Como bien dices, cada archivador que creas en domino.Doc es una base de datos distinta, aunque su estructura es la misma porque usan la misma plantilla.
Para acceder desde tu aplicación, puedes utilizar la API de Domino.Doc, pero deberás indicar de alguna forma a que base de datos quieres acceder.
Por ponerte un ejemplo, en mi empresa tenemos un archivador por cada departamento, y en nuestras aplicaciones tenemos asociado a cada usuario a un departamento, con lo cual sabemos a que base de datos tiene que acceder.
Si accedes desde una aplicación que se ejecuta desde el cliente notes, utiliza las funciones y librerías que tiene el propio Domino.Doc
En el siguiente link encontrarás documentación al respecto:
http://www-10.lotus.com/ldd/notesua.nsf/0b345eb9d127270b8525665d006bc355/85dceba93fc01df6852569810055391e?OpenDocument

Muchas gracias por la indicación. He conseguido saber como usar la API de Domino y así coger la base de datos que quiero. Incluso sé que documentos quiero visualizar porque tienen un campo que tiene que tener un valor concreto. Pero, una vez tengo la colleccion de documentos ¿cómo los visualizo en una vista de una aplicación Notes? Cuando creo la vista, en el apartado Selección de Documentos, ¿cómo indico que los documentos son la colección anterior?
Disculpa las molestias y muchas gracias.