Comparar columnas en Excel

Creo que me queda claro cual es tu problema.
Lo primero que necesitas hacer es familiarizarte con la fórmula "Buscarv", con esta formula vas a resolver 80 % de tu problema.
La formula "buscarv", te permite buscar que valores de una columna existen en la otra, y además puede regresarte cualquier datos que tenga el valor encontrado a la derecha del valor encontrado.
Por Ejemplo:
Supongamos que en mi celda "A1" tengo la clave "MAN525376C4R6" y quiero ver si esta clave esta en otra columna, en mi columna "C" (específicamente en el rango de celdas "C1:C20"). en este caso lo que tienes que hacer es poner la siguiente formula en tu celda "B1": =Buscarv(A1,$C$1:$C$20,1,falso)
Con esto, si la clave existe dentro del rango de celdas "C1:C20" te aparecer otra vez la clave y si no te aprecerá #N/A. Si tienes más celdas que buscar dentro del mismo rango "C1:C20" solo tienes que copiar la fórmula hacia abajo. Por ultimo para saber lo valores no coincidentes, solo tienes que filtrar esa columna por todos los valores #N/A.
Espero esta información te sea de utilidad.
Si tienes al guna duda o no me explique muy bien mandame un mail con un ejemplo de tus datos . y te reposdo con la solución.

Hola abj2005, en primer lugar gracias.Soy bastante novato en esto y voy a intentar explicarme lo mejor posible.
Manejo ficheros entre 4000 y 5000 registros más o menos.De vez en cuando necesito comparar ficheros de
unos 500 registros con los de 5000 .Lo que hago ponerlos en dos columnas, ordenarlos y visiualmente hacer
la comparación. Normalmente suele haber de 60 a 100 coincidencias. Esto me cuesta muchísimo tiempo y encima
corro el riesgo de dejarme alguno.Las referencias son del tipo (MAN525376C 4R6). Normalmente suelen ser claves
de 14 dígitos, contando también los espacios en blanco y mi pregunta es si podría encontrar automáticamente las
diferencias o las coincidencias entre ambas columnas.Una tercera columna que me indique que claves son las que
coinciden entre las dos columnas, esas 60 a 100 que busco "manualmente"
Tal vez no sea posible o muy complicada la solución. Espero haberte explicado mi problema un poco mejor
GRACIAS de antemano y un saludo

Hay varios método para hacer lo que tu necesitas, lo primero que necesito es saber que es lo que quieres comparar dos numero, dos palabras etc.
Y por otro lado a que te refieres con las diferencias.
Un ejemplo muy sencillo es utilizar una fórmula del Tipo ' =A1=A2 ', con esto lo único que conseguirás es que la fórmula te regrese verdadero si el contenido de la celda A1 es igual al contenido al de la celda A2. Por otro lado si lo que requieres es comparar dos cadenas de texto y quieres saber las diferencias entre una y otra hay varias fórmulas que pueden ayudarte como por ejemplo la fórmula ='"Encontrar( )", que busca una cadena de texto dentro de otra.
En conclusión si es posible comparar dos columnas solo ncecito un poco más de información para poder decirte la forma optima de resolver tu problema.