Filtros / Proteger Hoja

Hola, efectivamente la opción de autofiltros no funciona si la hoja está protegida.
La única opción que tienes es utilizar Filtros avanzados (en el mismo menu que el autofiltro).
Estos filtros sí funcionan con la hoja protegida, pero tienen el inconveniente de que son un poco farragosos de construir.
Si optas por esta solución voy a ponerte un ejemplo de cómo funciona:
Primero pones la tabla, con los rótulos de fila y de columna. Luego hay que poner el rango de criterios, que se construye dejando una fila en blanco debajo de la tabla y poniendo los mismos rótulos. Esto tendría esta pinta:
Peras manzanas
Luis 1 1
Juan 2 2
Pepe 2 3
Peras manzanas
En el rango de criterios, pones el criterio de búsqueda (estas celdas deben estar desprotegidas) justo debajo del rótulo. Si quieres que filtre la opción manzanas>2, la tabla sería:
Peras manzanas
Luis 1 1
Juan 2 2
Pepe 2 3
Peras manzanas
>2
Luego seleccionas una celda de la lista y le das a Datos->filtro->filtro avanzado
Ahora te pedirá el rango de la lista y el rango de criterios. Si sigues los pasos que vienen ahí y con los ejemplos de la ayuda de Excel podrías simular un autofiltro, aunque de forma más artesanal.
En fin, haz la prueba y si necesitas ayuda continúa con la pregunta.
Un saludo,
Javi