Si tu intención es formatear, es lo mejor que puedes hacer.
Para formatear debes meter el cd de Windows, pero en el momento de arrancar el PC, no con el Windows funcionando. Una vez arranques el PC desde el cd de Windows, se iniciará un asistente que te guiará durante la instalación. Antes de que empiece el proceso de instalación propiamente dicho, se te permitirá formatear.
Échale un vistazo a este video-tutorial de como instalar XP, es muy completo y bien explicado:
http://www.youtube.com/watch?v=UbAYVdxrCxg&hd=1Por cierto, en el momento de la instalación en el que te da a escoger el tipo de formato, entre otras te dará estas opciones:
-Formatear la partición utilizando el sistema de archivos NTFS <rapido>
-Formatear la partición utilizando el sistema de archivos FAT <rapido>
-Formatear la partición utilizando el sistema de archivos NTFS
-Formatear la partición utilizando el sistema de archivos FAT
selecciona la tercera opción (NTFS que no pone rápido), tardará un poco más pero se asegurará que no hay errores en un disco duro que puedan provocar fallos en la instalación