Problemas con el disco duro

Hola, muy buenas, me llamo carlos y tengo el siguiente problema:
Trabajo en una universidad como becario y tienen sobre 70 equipos con la misma configuración de hardware y software. Una de las becarias tenía que hacer un pequeño inventario sobre las mac y en vez de arrancar el sistema y verlo con ipconfig/all decidió utilizar un disco de red para clonaciones con el programa drive image. El caso es que todos los equipos por los que pasó los disquetes no arrancan ahora el sistema operativo aunque la información no se ha borrado. La primera solución que intenté fue clonar los ordenadores con la imagen que hay en el servidor mediante drive image, pero seguía sin cargar el SO (mencionar que es W2000). Lo segundo que intenté fue utilizar los comandos fixboot y fixmbr pues pensaba que podría ser del sector de arranque, pero no conseguí nada. Al final como lo solucioné fue con clonación de disco a disco pero utilizando el ghost. Evidentemente la clonación la hice con un disco duro idéntico pero que si cargaba el SO.
Lo que quisiera saber es cual crees que puede ser el problema de los discos duros y sobre todo saber que es lo que hace ghost que no haga drive image para recuperar el disco duro.
No se si me he explicado muy bien. Me encantaría que me revolvieras esta duda porque tengo la sensación de que este problema se resuelve con 2 comandos bien puestos y no tener que ir sacandos discos duros, poniéndolos, clonando, volviendo a colocar, etc.
Muchas gracias por leer mi mensaje y un saludo.