Yo podría echarte una mano en algunas cosas, otras las puedes ver en mi blog http://blog.sakrow.com/
Pero ya te comento que no es nada difícil.
Sobre lo de dejar restos, depende de como lo hagas, si simplemente accedes a esos archivos vía FTP (por ejemplo) no deberías de tener ningún problema, porque una vez se cierra el programa FTP esos archivos deberías de desaparecer.
Si te los descargar, lo mejor que puedes hacer es "MAYUS + SUP" de modo que suprimes el archivo sin pasar por la papelera, por lo que es mas complicado de recuperar sobre todo si no tienes conocimientos sobre ello.
Por lo demás existen formas diferentes de acceder a los archivos, eso es ya como tu tu quieras complicar o curarte en salud.
Si vives por madrid o bilbao, hasta podríamos quedar y te comento un poco como va.