Mi mujer tiene prorrateadas las pagas extras en la nomina y me han cancelado la ayuda

Hola me concedierón la ayuda de 426 euros  de mayo a septiembre y este mes de junio nos hemos "pasado" ya que el total devengado es de 1518,45 ( que habría que dividir entre 3 que somos en la familia)pero las tres pagas extras que percibe mi mujer están prorrateadas, y en la nomina de este mes el prorrateo de la paga extra ha sido de 259,07. Mi pregunta es si en el calculo para que te den la ayuda se incluye también el prorrateo de las pagas extras ó no, ya que la explicación que me han dado es que ellos cogen la base de cotización pero en la base de cotización se incluye el prorrateo de las pagas extras y eso a mí entender no es justo ni legal. Gracias y espero su respuesta.