Si que es cierto que puede parecer confuso e incluso dos conceptos similares, pero aún así son diferentes. A ver, genoma es todo el conjunto de genes que tiene un ser vivo. En el caso del genoma humano pues eso, serían todos los genes de una persona, sin entrar en diferencias entre personas. Con genotipo nos referimos a genotipo nos referimos a las variaciones específicas que hay en un individuo concreto. Por ejemplo, en nuestro genoma todos tenemos los mismos genes que van a dar lugar al color de los ojos, pero estos genes no van a ser totalmente idénticos en cada individuo, de ahí la variación en el color de ojos entre personas.
En este ejemplo, el genoma en ambos es el mismo gen x - gen y - gen z - gen color ojos - gen 1 - gen 2..., sin embargo el genotipo es diferente gen x - gen y - gen z - ojos azules/ ojos verdes - gen 1 - gen 2...
Es un ejemplo bastante simplificado, ya que en realidad la información codificada para una cierta caracteristica (fenotipo) no está contenida en un solo gen, sino que puede estarlo en varios y en a manera en la que las proteínas generadas a partir de estos genes interactuan entre sí y con otras proteínas del organismo.