Lo que hace el lector, por así decirlo, sustituye la entrado del teclado, el lector es un dispositivo de entrada como el teclado.
No sé que haga tu macro o cómo la actives.
Pero al momento de leer un código de barras con el lector, la entrada que está haciendo el lector la puedes dirigir directamente a una celda de excel, por ejemplo la celda "D5" previamente tienes que poner el cursor en la celda "D5", entonces en esa hoja de excel puedes poner un evento, si la celda "D5" es modificada que se ejecute una macro, o en este caso tu macro.
Private Sub Worksheet_Change(ByVal Target As Range)
'Por.DAM
If Not Intersect(Target, Range("D5")) Is Nothing Then
tumacro
End If
End Sub
Cambia en la macro anterior "tumacro" por el nombre de tu macro, tu macro deberá estar en un módulo en el mismo libro.
Sigue las Instrucciones para poner la macro en un evento de worksheet