Trabajador por cuenta ajena y por cuenta propia

Buenas Tardes,

mi pregunta va relacionada con el cobro de la prestación por desempleo. En la actualidad me encuentro dada de alta de autónomo y trabajando por cuenta ajena. El día 29 de Septiembre se me termina el contrato por cuenta ajena, pero aún no saben si me renovaran y es por lo que no quiero cursar mi baja de autónomo (por no perder bonificaciones). Si se diera el caso de que no me renovaran ¿podría cursar la baja de autónomo el día 30 y así cobrar el desempleo (me corresponden 2 años).?

Muchas Gracias