Factura rectificativa por diferencias de IVA

Buenos días mi consulta es la siguiente: durante los ejercicios 2011 y 2012, emití unas facturas por venta de miera (bueno me las emitía la propia empresa a la que vendí), declarando las mismas en la administración.

Este año la Agencia Tributaria en unas comprobaciones ha detectado que dichas facturas se han emitido con un tipo de iva devengado erróneo (se han devengado al tipo de IVA correspondiente al régimen general de Agricultura y pesca 10% y 12%) en lugar del tipo correspondiente al general (16% 18%), motivo por el cual me levantaron ACTA y mediante liquidaciones emitidas por la Adminsitracion he pagado las diferencias originadas.

Ahora bien, tengo que emitir unas facturas rectificativas a la empresa a la que vendí la miera, para poder recuperar el IVA que he tenido que pagar a AEAT.

Duda 1: La factura rectificativa debería emitirla en fecha actual o fecha de las anteriores facturas( el problema es que a mi hacienda ya me ha liquidado las diferencias de iva mediante paralelas de esos años) por lo que yo ya he pagado el iva devengado, ahora bien mi cliente no se ha deducido esas cuotas.

Duda 2: Puesto que lo que varia en la rectificativa es el tipo de IVA, como debo realizar la factura rectificativa constando el IVA ERRÓNEO COMO NEGATIVO Y CONSTANDO EL IVA CORRECTO POR EL TOTAL DE LA FACTURA (no lo veo ya que la otra empresa ya se ha deducido la parte de iva de la anterior factura), entonces ahora solo podría deducirse la diferencia. 

gracias de antemano