Reyna Luna, en el foro de Adobe comentan que los archivos no se pueden recuperar a menos que el usuario haya guardado una copia de seguridad de los mismos en el servidor
Puede modificar / cambiar contenidos del sitio de Muse , pero lo que se necesita el mismo archivo musa o de lo contrario tendría que volver a crear eso.Desafortunadamente, no podemos recuperar archivos musa perdida, pero si usted tiene cualquier copia o guardado en el servidor , entonces podemos usar eso.
https://forums.adobe.com/thread/1430545?tstart=0
http://helpx.adobe.com/es/muse/using/muse-workspaces.html
De todas formas, quizá exista una posibilidad de recuperar una parte de los archivos gracias a la página "WayBack Machine" que tal vez conozcas, se trata de un registro que actua a modo de caché, almacenando todo tipo de páginas cada día, mes y año, esto es posible porque el sistema realiza copias o capturas periodicas cada cierto tiempo. No es infalible pero podrías intentarlo. Tan sólo tienes que escribir la dirección completa de tu dominio o página web -y tambien la dirección del FTP-, en el recuadro central
http://archive.org/web/
http://www.youtube.com/watch?v=L9IsG_nIUfU
Para procurar recuperar una parte de los archivos almacenador en el servidor FTP, puedes probar esto
http://ordenador.wingwit.com/Redes/ftp-telnet/66578.html
http://www.forosdelweb.com/f57/filezilla-error-recuperar-listado-del-directorio-894472/
http://www.softzone.es/2009/04/05/recuperar-contrasenas-de-tu-ftp-almacenadas-en-filezilla/
Por el momento no soy capaz de localizar otras alternativas pero voy a seguir buscando, porque en ignorancia pienso que algo más se podrá hacer Suerte.