Aptana me estara funcionando bien? O estoy cometiendo errores de sintaxis?

Quisiera saber porque al codear el codigo. ¿Correspondiente para enlazar mi archivo javascript no me esta funcionando? Me explico resulta que en aptana tengo tres archivos uno html. Y dos js uno jquery bajado de la página de jquery y otro mi propio archivo javascript lo que pasa esque al escribir el sgt cod.en el head...

<script src="miscript.js" type="text/javascript"></script>

<script src="jquery.js" type="text/javascript"></script>

Ahora resulta que hice una prueba en el archivo miscript.js que es el sgt...

$(document).ready(function(){

Alert("hola");

});

Luego al cargar la pag y una vez cargada no me sale el alert y eso me sucede aveces y aveces da con otro proyecto todo esto en aptna 3 y no se cual seria el error si me pudieran ayudar porfavor gracias. Ahhh algo mas que queria aclarar esque la direccion en el src esta bien es decir todos los archivos estan en la carpeta raíz