Formatear de disco duro de la laptop

Puedo reparar mi lap restaurando los valores de fabrica al reiniciar y oprimiendo f3 y reinstala todo incluyendo cotroladores. Pero quiero actualizarla a un sistema operativo más reciente. El problema es que si la formateo con la poción introduciendo el cd en la disquetera tengo el temor de que también se borren los archivos originales y controladores. ¿Cómo debo proceder?