Un firewall, únicamente se dedica a bloquear las conexiones entrantes o salientes de un programa cualquiera que sea, basándose en algunos criterios de lógica.
Según el nivel de seguridad establecido en el cortafuegos, éste podrá bloquear todo lo que entre y salga a través de la tarjeta de red hacia Internet, lo que lo hace súper seguro pero inutilizable.
Ya que cada protocolo tiene un puerto predefinido (por ejemplo navegar por páginas webs se usa el 80 y el 443 si es una página https) se relajan los criterios para permitir que las aplicaciones puedan navegar. Y debe ser el usuario el que configure o permita el acceso a través del cortafuegos al programa.
En definitiva, cualquier programa es susceptible de ser bloqueado por el cortafuegos si no se le permite expresamente.