Puede un autónomo estar trabajando como empleado en una empresa

Hola, trabajo en una empresa grande que tiene filiales en varias autonomías. Contrata a autónomos trabajos y tengo entendido que los paga muy bien. La autonomía en la que yo trabajo la directora organiza a su bola y actúa como si ella fuera la empresa. Desde la central le tienen dicho que a cada trabajador autónomo de haga un contrato por trabajo que hace; pero a ella le viene mejor tenerlos en la oficina,y pagarles por hora trabajada y no por trabajo. Mucho más desventajoso para ellos. Los iba a contratar como empleados pero como una compañera se acogió a un ere que hizo la empresa central (aunque nosotros no necesitábamos prescindir de ella), ahora desde central le dicen que no puede contratar a nadie nuevo. Total que hay en la oficina 5 empleados fijos y 5 autónomos que vienen cada día a trabajar a la oficina, cada uno con un convenio diferente. Los dos últimos que los iba a contratar como fijos los tiene al sueldo que había apalabrado y fichando, si no hacen las horas le descuenta el sueldo y ellos tienen que pagar autónomos por su cuenta.

Mi pregunta es: dentro de la nueva ley de trabajo que desconozco ¿es esto ilegal? En el caso de ser ilegal ¿se puede y debe denunciar a magistratura? ¿hacen caso si lo denuncias? ¿el denunciante puede ser anónimo?

En fin, mi empresa hace todo muy legal pero me enferma que una persona que dirije  y ella misma es empleada abuse de la necesidad que tienen otros de trabajar para hacer lo que a ella le viene mejor.

Gracias