Cambio de nombre de vehículo de sociedad civil (sin actividad) a particular

Buenos días. Hace 7 años compré un vehículo a nombre de una sociedad civil que tenía con un socio. Dos años mas tarde la sociedad dejó de funcionar si bien no llegamos a disolverla legalmente porque existía este vehículo. Por aquel entonces hicimos una escritura notarial de reconocimiento de deudas, en la que mi exsocio rehusó ejercer cualquier derecho sobre el vehículo.

Ahora al vehículo tiene una avería bastante grave para la cual hay tengo que gastar una cantidad bastante elevada (unos 3000 euros) y claro, si voy a hacer esa inversión quiero que el vehículo esté definitivamente a mi nombre.

La cuestión es la siguiente: se que para hacer la venta he de hacer una factura por el valor del vehículo y pagar su correspondiente IVA pero claro... El valor venal del vehículo según marca, modelo y año, es unos 6500 euros (el valor de mercado sería un poco más alto) y he leido por ahí que la factura no puede ser inferior a ese valor.
Pero el caso es que al vehículo con la avería que tiene no vale ese dinero y además de la avería tiene bastantes kilómetros por lo que está bastante "trillado".

La pregunta es si podría tener problemas por hacerme la venta por un valor inferior a esos 6500, por ejemplo por unos 3000. Para justificar la avería solo podría aportar un presupuesto de un taller pero no la factura porque la realidad es que mi hermano es mecánico y sería él el que conseguiría las piezas y me lo arreglaría por un importe bastante inferior.

Gracias