Soy discapacitada y aunque la empresa me ha despedido de manera disciplinaria, han reconocido la improcedencia. ¿Me repercute?

Soy discapacitada y mi empresa me tenía contratada con un contrato de trabajo por obra y servicio pero  después, (para llevarse ayudas, desgravacioes y bonificaciones), me pasó a contratar a través de una empresa del mismo grupo con un contrato indefinido para la contratación de personas con discapacidad. A los 2 años y 2 meses el médico me dio una baja temporal y, aunque no llevaba aún 3 años en la empresa, recibí una carta de despido disciplinario. La empresa ha admitido la improcedencia en el acto de conciliación sin embargo me surgen dudas: 

-¿Debe devolver la empresa las bonificaciones?

-¿Es verdad que si me contrata otra empresa no se podrá beneficiar de dichas bonificaciones durante los 3 primeros meses porque mi último contrato cesó a través de un despido disciplinario?

-¿Puede repercutirme el despido disciplinario improcedente en la búsqueda de trabajo, en el SAE, o en algo más?

Aunque tengo el acta de conciliación, en el certificado de empresa aparece "baja despido disciplinario individual".

Muchas gracias de antemano