¿Puedo viajar en la Union Europea solo con el pasaporte y el nie (español) caducado siendo mexicano?

Somos dos chicos mexicanos que estamos haciendo un master en Barcelona, llegamos en Enero y ahora nuestro nie se caduca el 14 de julio, hemos iniciado el tramite pero se ha atrasado y tuvo complicaciones creemos que tendremos el nie hasta agosto, pero nosotros queremos viajar a Malta y otros países de Europa, estaremos fuera de España dos meses, ¿entonces quisiéramos preguntarlse si podemos entrar a malta y demás países de la unión europea solo con el pasaporte y el nie caducado? Sé que como mexicano puedo estar en la union europea 90 dias, pero mi duda surge de que ya estoy aqui desde enero, pero he estado como estudiante, con visa de estudiante, no se si cuando corren estos 90 días como turista.