Se puede sustituir el Disco Local C: por Disco E:

Yo veo la configuración que tienes perfecta, puedes tener el disco duro de 250GB solo para windows y los programas y todos los archivos, documentos fotos, etc que se pase al de 1TB así puedes hacer una imagen con GHOST de C: y si se rompe windows puedes formatear sin miedo porque están en discos duros distintos y solo te llevara 20 min.

Para mover la carpeta de "mis documentos" solo tienes que darle a propiedades sobre la carpeta y poner la nueva dirección en E:\ también tendrías que configurar los programas para que usen E:\ como carpeta de destino y de archivos temporales

Claro que puedes configurar el pc para que todo se descargue en el disco nuevo, pero te recomendaría que utilizaras ese disco de 1tb como principal, ya que no veo normal usar el principal tan pequeño y el otro como backup, podrías incluso particionarlo en 500 y 500gb y adicional mete tendrías físicamente el de 250gb que puedes usar para otros cosas, formatea el disco de un tera, lo particiones, instalas windows y tendrás el doble de capacidad en "C", tebdras unidad "D" que seria la otra partición de 500gb, y adicional un disco físico de 250.

Como te ha comentado el compañero de arriba utilizaría el 250gb para el sistema, si no es muy viejo y el otro para datos, incluso el otro lo particionaria para guardas según que en cada partición.

Cuando te metes en documentos botón derecho te sale esto.

Y aquí puedes cambiar donde alojar los datos.

Luego en la carpeta de descargas botón derecho lo cambias aquí.

Luego te recomendaría que los programas principales que uses lo instales donde el sistema operativo para que vaya más rápido y evites cuello de botella en la transmisión de datos.

Ai necesitas mas informacion pidela