Es tan simple como solicitar un proyecto de segregación a un técnico.
Te realizará la medición y un plano con el estado original y el estado final que quieres.
Ese proyecto de segregación, junto con la escritura del local original, lo llevas al ayuntamiento y solicitas licencia de segregación (debería de ser un trámite rápido, ya que es bastante sencillo)
Una vez que tengas la licencia municipal y otra copia del proyecto, lo llevas al notario, haces la escritura nueva de los 2 locales y solicitas el cambio de las propiedades en el Catastro.
No es un tema complicado. Incluso en la mayoría de las Notarías ya te hacen ellos mismos la gestión del cambio en el catastro.