Ejecución de Shell en Windows server 2003

Tengo una aplicación a la cual accediendo remotamente con un usuario que solo tiene configurado la ejecución de una aplicación funciona, pero si le cambio esta configuración y para todos los usuarios que ingresan a todo el entorno del servidor ya no funciona. Lo que no funciona es la ejecución de Shell que levanta un menú hecho en sqr, no se que puede ser si me pueden ayudar