Tu disco duro esta divido por varios sectores lógicos, estos sectores están formados por unas pequeñas celdas donde se escribe la informaicon (estamos todo hablando de la parte lógica), bueno el formato fat es un formato viejo, donde las celdas son más grandes que las de NTFS, ¿qué genera esto? Cuando un archivo se escribe en una celda o varias ocupa toda la celda, no importa si es más grande o más chico que la celda, el archivo la ocupa todo, lo que genera que en los discos FAT se desperdicie mucho espacio libre. El sistema de ficheros NTFS es mucho más compacto y eficiente que el fat, a su vez también más rápido. FAT FAT16 y FAT 32 es tecnología vieja. El FAT también tiene algunos dramas con archivos muy grandes, podes probar poner fat32 un pendrive y veras que no puedes pasar archivos únicos que pesen más de 4gb (no re cuerdo si exactamente 4) cuando en NTFS un solo archivo puede pesar cualquier tamaño.