Tengo un flujo vaginal color marrón y no se la causa

Aunque suene extraño, este flujo podría ser tu regla o "restos" de la anterior. Los anticonceptivos regulan esto por lo que es normal un periodo sumamente escaso, sangrado a mitad del mes (esto pasa solo entre el 1º y 2º mes a no ser de que tengas alguna enfermedad). No huele mal, así que no es ningún tipo de infección ni nada. Probablemente se te quitará en unos días. Si esto te lo trata tu ginecólogo has un seguimiento y anota todas estas cosas y luego entrégaselas, te ayudará a no estar tan asustada.