Velocidad en la ejecución de aplicaciones web en php
Hace un tiempo realicé una aplicación web en php, utilizando Netbeans, el tema es que funcionaba bien, velocidad aceptable, la dejé por un tiempo para realizar otro proyecto y ahora la he retomado, resulta que ahora va muy lenta, el tema es que recuerdo haber hecho pruebas al respecto, y resulta que al tener ficheros php distribuidos en distintas carpetas, a modo de librerías, hace que el sistema se ralentice, pero tener todos los ficheros en la carpeta raíz de la web no me parece lo más correcto, aunque si hay que hacerlo se hace ...
La cuestión es saber si ha alguien le ha ocurrido lo mismo y como solucionarlo; por otro lado he visto que en Netbeans junto a la carpeta de "Source files" que contiene los ficheros fuente, también hay otra carpeta llamada "Include Path" ... No sé para que que sirve dicha carpeta, no la he utilizado nunca, no sé si serviría para englobar carpetas/ficheros comunes a varios proyectos php, no se si poniendo las carpetas/ficheros tipo librería que tiene mi proyecto, mejoraría la velocidad ...
¿Alguna idea?
Saludos y gracias.
P.D: Cargar algunos ficheros / pantallas puede llevar 21 segundos (comprobado con las herramientas de Mozilla Firefox), y estoy hablando de la pantalla inicial p.ej, que el usuario aún no ha hecho nada ...