Pago Nómina después de un año de baja

Llevo un año de baja por dos operaciones de Columna. He venido cobrando el 100% de mi sueldo porque segsegún convenio hasta el mes 15 de baja, la empresa completa el 25% de mi sueldo. Ahora bien, he pasado por el Tribunal Médico y me han dado la pprórroga de 6 meses, por lo que empezaré a cobrar desde este mes de Junio a través de la mutua, ellos pagaran el 75% de mi sueldo, y el otro 25% mi empresa (hasta el mes 15 como dice el convenio). Preguntas: ese 25% me lo paga mi empresa como una nómina normal, ¿y por otro lado recibo el pago de la mutua?; Como mi sueldo me lo dividían en 14 pagas quiero saber si esa proporción del 25% también entra dentro de la paga extra que deben abonarme ahora en julio.