I. Hola Luis, a mediación de esta página un compañero nos ofrece el código para hacer lo que nos expones.
Crear un bat que me cree una carpeta en la ruta que yo quiera
(Copio el texto)
@ECHO OFF
Title Carpeta Confidencial
if EXIST "C:\Users\Antonio\Desktop\Control Panel.{21EC2020-3AEA-1069-A2DD-08002B30309D}" goto UNLOCK
if NOT EXIST C:\Users\Antonio\Desktop\Confidencial goto MDLOCKER
:CONFIRM
Echo Esta seguro de que quiere proteger la carpeta(S/N)
set/p "cho=>"
if %cho%==S goto LOCK
if %cho%==s goto LOCK
if %cho%==n goto END
if %cho%==N goto END
echo Clave erronea.
goto CONFIRM
:LOCK
ren C:\Users\Antonio\Desktop\Confidencial "Control Panel.{21EC2020-3AEA-1069-A2DD-08002B30309D}"
attrib +h +s "C:\Users\Antonio\Desktop\Control Panel.{21EC2020-3AEA-1069-A2DD-08002B30309D}"
echo Carpeta protegida
goto End
:UNLOCK
echo Ingrese la clave para desproteger su carpeta
set/p "pass=>"
if NOT %pass%== Escriba su Contraseña aqui goto FAIL
attrib -h -s "C:\Users\Antonio\Desktop\Control Panel.{21EC2020-3AEA-1069-A2DD-08002B30309D}"
ren "C:\Users\Antonio\Desktop\Control Panel.{21EC2020-3AEA-1069-A2DD-08002B30309D}" Confidencial
echo Carpeta desprotegida satisfactoriamente
goto End
AIL
echo Clave erronea
goto end
:MDLOCKER
md C:\Users\Antonio\Desktop\Confidencial
echo Carpeta Confidencial creada satisfactoriamente
goto End
:End
Mas alternativas
http://www.lawebdelprogramador.com/foros/Ms-Dos/1395586-Crear-Varias-carpetas-en-un-batch.html
http://www.alejandroherrero.com/blog/2014/08/bat-crear-carpetas-con-el-nombre-de-archivos.html
http://todosobreprogramacionbatch.blogspot.co.ke/2011/04/crear-carpeta-con-un-batponerle.html