Se puede dar licencia de obras de forma individual

Se ha concedido a un particular una licencia de obras referida a un edificio compuesto de garajes, bajo comercial, dos plantas y ático. La licencia es única para todos los inmuebles, habiéndose ya declarado la obra nueva y división horizontal en construcción.
Ahora pide la licencia de primera ocupación pero el ayuntamiento entiende que la ejecución de uno de los balcones del ático no se ajusta con exactitud al proyecto.
¿Se puede denegar la licencia de ocupación de todos los inmuebles porque uno de ellos no se ajuste -la terminación del balcón, exclusivamente- al proyecto?
¿Se puede pedir licencia de primera ocupación de manera individual para cada uno de los inmuebles a los que se refiere la licencia de obras, aunque esta licencia sea única para cada uno de ellos?