I. Buenas compañera, yo no domino Java pero mientras un experto te responde, puedes estas otras incidencias como la tuya que obtienen soluciones, a ver si hubiera suerte.
http://www.lawebdelprogramador.com/foros/Java/1430958-Problemas-con-rutas-al-generar-un-jar.html
http://foro.elhacker.net/java/problemas_con_rutas_al_crear_jar-t281957.0.html
http://foro.chuidiang.com/java-j2se/problema-con-la-ruta-para-abrir-el-informe-jasper/
(Copio/pego).
Lo que te puede estar pasando es que al generar el jar lo ejecutas desde una directorio distinto y efectivamente en este directorio no se encuentra la ruta intenta implementar .getCanonicalPath() como en el ejemplo siguiente:
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import java.io.File;
public class DirectorioActual {
public static void main (String args[]) {
File miDir = new File (".");
try {
System.out.println ("Directorio actual: " + miDir.getCanonicalPath());
}
catch(Exception e) {
e.printStackTrace();
}
}
}