Videos hd bajados de youtube con ant audio desfasado

Bajo videos de youtube en calidad hd con ant videos- Este programa baja los archivos en formato webm y baja por un lado la pista de video y por otro la del audio. El tema se da al multiplexar o unir. Acá van las dudas
1) El programa me pide que instale un compresor para unir los archivos. El vlc no funciona, me baje el ffmpeg. Ya sea que en opciones del ant elija el ffmpeg.exe o presione la opciòn "instalar" compresor del ant, lo que ocurre es que el archivo webm resultante, cuando lo convierto en mkv, tiene el audio desfasado. ¿Esto a qué se debe? ¿Puedo usar un seteo del compresor que corrija eso?
2) La otra opción es hacerlo a posteriori, con un proframa tipo el mkv merge (mkvtoolnix), etc. ¿No lo puedo hacer directo en el format factory que convierte el webm a mkv? No veo la opciòn de hacerlo automàticamente.