Cálculo de cómputo de horas anuales

Trabajo en telemarketing y estoy haciendo el cómputo de horas anuales.

Durante este año falté dos días porque tenía gripe, el médico me dió dos días de reposo. La empresa aceptó este justificante pagando el primer día (que fue el que acudí a consulta y supongo que descontando este de las horas médicas anuales que tenemos).

El segundo día fue considerado ausencia justificada no remunerada y se descontó de mi nómina.

La empresa me indica que al no ser baja médica no puede ser incluido en el cómputo.

¿Me podrían indicar si esto es correcto? ¿Estos dos días no entran en el cómputo como si fueran días no trabajados?